应用数学系创建于学院成立之初，主要由无锡教育学院数学系组成。2008年系部调整时学院将应用数学系、工程数学部及基础数学部的一部分教师整合成新的应用数学系。

本系的本科专业为数学与应用数学。主要培养掌握数学科学的基本理论、基础知识与基本技能，能够运用数学知识和计算机工具解决实际问题，能在中等学校进行数学教学的教师及在其它领域从事相关工作的专门人才。本系目前具有的应用数学二级硕士点，主要培养具有较强数学科研和应用能力，能在高等学校从事教学及其他领域从事相关工作的高级专门人才。

本系教师在承担繁重教学任务的同时，积极从事教学改革和教学研究，取得卓越教学成果。本系教师指导的学生在历年的国内外数学建模大赛中取得优异成绩；指导的大学生创新项目多次获得省级（个人及团队）优秀论文奖。

与此同时，本系科研也有了长足的进步。本系教师主持国际合作、国家自然科学基金及省部级科研项目多项，科研经费数居于学院各系部前列。

应用数学系师资力量较为雄厚，主要由各相关专业的教授和年轻博士组成。共有专业教师14人，其中教授1人，硕士生导师4人，副教授6人，博士8人。